למרבה הצער, לתרופות רבות יש תופעות-לוואי בלתי-רצויות. בצד האפל של גלולות השינה, קיימת קשת רחבה של תופעות לוואי שיש להביא בחשבון לפני שבוחרים להתחיל ליטול כדורים היפנוטיים. יש להדגיש, כי שינה המתרחשת ע"י סמים להשראת שינה (היפנוטיים) היא איננה שינה פיסיולוגית, כי אם מלאכותית. ברביטוריאטים ונוגדי דיכאון מקצרים את שנת החלום (REM). בנזודיאזפינים ומשככי כאב אופיאטים מקצרים את שלב השינה העמוקה. 1 | טשטוש וישנוניות במהלך היום. 2 | סכנה בנהיגה. 3 | הסרת-עכבות בהתנהגות. 4 | זיכרון וחשיבה (תפקודים קוגנטיביים). 5 | שיכחון (אמנזיה) כולל חולף. 6 | סהרוריות והתנהגויות מוזרות מתוך שינה. 7| דיכוי נשימתי. 8 | תגובה אלרגית. 9 | מומים בעובר וסכנה להריון. 10 | הנקה. 11 | השפעות מיוחדות על קשישים. 12 | רעילות במינון יתר. 13 | ריבאונד אינסומניה. 14 | קיצור תוחלת החיים.